Umfassende molekulare Profilierung …

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Umfassende molekulare Profilierung von Lungenadenokarzinom

Abstrakt

Adenokarzinom der Lunge ist die führende Ursache für Krebstod weltweit. Hier berichten wir über molekulare Profilierung von 230 reseziert Lungenadenokarzinomen mit Boten-RNA, microRNA und DNA-Sequenzierung integriert mit Kopienzahl, Methylierung und Proteom-Analysen. Ein hohes Maß an somatische Mutation wurden (Mittelwert 8,9 Mutationen pro Megabase) zu sehen. Achtzehn-Gene wurden statistisch signifikant mutiert, einschließlich RIT1 Mutationen und neu loss-of-function beschrieben Aktivierung MGA Mutationen, die sich gegenseitig ausschließende mit Schwerpunkt sind MEIN C Verstärkung. EGFR Mutationen wurden häufiger bei weiblichen Patienten, während Mutationen in RBM10 bei Männern waren häufiger. Abbildungsfehler in NF1. GETROFFEN. ErbB2 und RIT1 in 13% der Fälle aufgetreten und wurden in Proben sonst fehlt eine aktivierte Onkogen, was darauf hindeutet, einen Treiber Rolle für diese Ereignisse in bestimmten Tumoren angereichert. DNA und mRNA-Sequenz aus dem gleichen Tumor hervorgehoben Spleißen Veränderungen durch somatische genomische Veränderungen angetrieben, einschließlich Exon 14-Skipping in GETROFFEN mRNA in 4% der Fälle. MAPK und PI (3) K-Weg-Aktivität, wenn auf Proteinebene gemessen wird, wurde in nur einem Bruchteil der Fälle durch bekannte Mutationen erklärt, was darauf hindeutet, zusätzliche, unerklärliche Mechanismen der Signalweg-Aktivierung. Diese Daten schaffen eine Grundlage für die Klassifizierung und weitere Untersuchungen von Lungenadenokarzinom molekularen Pathogenese.

Betreff Bedingungen:

Auf einen Blick

Figuren

ein, Co-Mutation Grundstück von insgesamt Exoms Sequenzierung von 230 Lungenadenokarzinomen. Daten aus TCGA Proben wurden mit zuvor veröffentlichten Daten kombiniert 12 für die statistische Analyse. Co-Mutation Grundstück für alle in der statistischen Analyse verwendeten Proben (n = 412) können in Ergänzungs Abb gefunden werden. 2. Wesentliche Gene mit korrigierter P Wert von weniger als 0,025 wurden mit dem MutSig2CV Algorithmus identifiziert und werden in der Reihenfolge abnehmender Häufigkeit geordnet. b. c. Die Differenzmutationsmuster zwischen den Proben als Trans klassifiziert hohen und niedrigen Trans Proben (b ) Oder männlichen und weiblichen Patienten (c ) Für alle Proben in der statistischen Analyse verwendet, gezeigt (n = 412). Sterne zeigen statistische Signifikanz der Fisher mit&# X02019; s Exact Test (schwarze Sterne: q &# X3C; 0,05, grau-Sterne: P &# X3C; 0,05) und sind zur Probe benachbart mit dem höheren Anteil an mutierten Proben eingestellt.

  • Abbildung 2. Aberrant RNA-Transkripte in Lungenadenokarzinom mit somatischen DNA-Translokation oder Mutation verbunden.

    ein, Normierte Exon Ebene RNA-Expression in Fusionsgens Partner. Graue Kästchen um Gene markieren die Regionen, die als Folge der Fusion entfernt. Knotenpunkte der Fusionsereignisse werden auch in Ergänzungs Tabelle aufgelistet 9. Exon Zahlen beziehen sich Transkripte in Ergänzende Tabelle 9 aufgeführt zu verweisen. b,GETROFFEN Exon 14 Skipping in Gegenwart von Exon 14-Spleißstelle Mutation (ss mut), Spleißstelle Deletion (ss del) oder Y1003 * Mutation beobachtet. Insgesamt 22 Proben hatten unzureichende Abdeckung um Exon 14 zur Quantifizierung. Der Prozentsatz Skipping ist (Gesamt Ausdruck minus Exon 14-Expression) / Gesamt Ausdruck. c, Signifikante Unterschiede in der Frequenz von 129 alternativen Spleißvorgängen in mRNA von Tumoren mit U2AF1 S34F Tumoren im Vergleich zu U2AF1 WT-Tumoren (q Wert &# X3C; 0,05). In Übereinstimmung mit der Funktion der in 3 U2AF1&# X02032; Spleißstelle Anerkennung, die meisten Spleißen Unterschiede beteiligt Kassette Exon und Alternative 3&# X02032; Spleißstelle Ereignisse (Chi-Quadrat-Test, P &# X3C; 0,001).

    ein, Gistik Analyse von fokalen Amplifikationen in Onkogen-negativ (n = 87) und Onkogen-positiv (n = 143) TCGA Proben identifiziert Schwer Gewinne von GETROFFEN und ErbB2 , die spezifisch auf die Onkogen-negativen Satz (violett). b,TP53, KEAP1, NF1 und RIT1 Mutationen sind in Proben sonst fehlen Onkogen-Mutationen signifikant angereichert (bereinigt P &# X3C; 0,05 von Fisher&# X02019; s genauen Test). c, Co-Mutation Grundstück von Varianten bekannter Bedeutung innerhalb der RTK / RAS / RAF Weg in Lungenadenokarzinom. Nicht gezeigt sind die 63 Tumoren eine identifizierbare Fahrer Läsion fehlt. Nur kanonische Fahrer Ereignisse, wie in Abb Ergänzungs definiert. 9. und vorgeschlagenen Treiber Ereignisse, gezeigt; daher wurde nicht gefunden jede Veränderung angezeigt. d, Onkogene neuen Kandidaten-Treiber (blau: 13% der Fälle) und bekannte somatisch aktivierte Treiber Ereignisse (rot: 63%), die die RTK / RAS / RAF Signalweg aktivieren kann in der Mehrzahl der 230 Lungenadenokarzinomen gefunden werden.

    ein, Somatische Veränderungen denen wichtige Weg Komponenten für RTK-Signalisierung, mTOR-Signalisierung, oxidative Stressreaktion, Proliferation und Zellzyklus-Progression, Nukleosomen Umbau, Histon-Methylierung und RNA-Splicing / Verarbeitung. b. c, Proteomanalyse von RPPA (n = 181) P Werte, die durch beidseitiges t -Test. Box-Plots repräsentieren 5%, 25%, 75%, Median und 95%. PP, proximal proliferative; TRU, Terminal Atemgerät; PI, proximale entzündliche. c, mTOR Signalisierung kann von jeder Akt aktiviert werden (beispielsweise über PI (3) K) oder Inaktivierung von AMPK (beispielsweise über STK11 Verlust). Die Tumore wurden in drei Hauptgruppen unterteilt: diejenigen mit PI (3) K-AKT-Aktivierung, durch entweder PIK3CA aktivierende Mutation oder unbekannten Mechanismus (hohe p-AKT); diejenigen mit LKB1-AMPK-Inaktivierung, entweder durch STK11 Mutation oder unbekannten Mechanismus mit geringen Mengen an LKB1 und p-AMPK; und diejenigen, zeigt keine der oben genannten Merkmale.

    ein &# X02013;c. Die Integration von unüberwachten Analysen von 230 Lungenadenokarzinomen zeigt signifikante Wechselwirkungen zwischen molekularen Subtypen. Geschwülste werden als Spalten angezeigt, gruppiert nach mRNA-Expression-Subtypen (ein ), DNA-Methylierungs-Subtypen (b ) Und integrierte Subtypen von iCluster Analyse (c ). Alle angezeigten Funktionen sind deutlich mit Subtypen dargestellt verbunden. Der CIMP Phänotyp wird durch die variabelste CpG-Insel und Promotorsonden definiert.

    Einführung

    Lungenkrebs ist die häufigste Ursache für globale krebsbedingte Sterblichkeit, was zu mehr als eine Million Todesfälle pro Jahr und Adenokarzinom ist die häufigste histologischen Typ. Rauchen ist die Hauptursache für Lungenadenokarzinom aber, wie Rauchen Preise senken, proportional mehr Fälle treten bei Nichtrauchern (definiert als weniger als 100 Zigaretten im Leben). Vor kurzem haben molekular zielgerichtete Therapien dramatisch Behandlung verbessert Tumoren bei Patienten, deren hafen somatisch Onkogene wie Mutante aktiviert EGFR 1 oder transloziert ALK, RET, oder ROS1 (Lit. 2. 3. 4). Mutant BRAF und ErbB2 (Ref. 5) sind auch Untersuchungsziele. Doch entweder die meisten Lungenadenokarzinomen fehlt ein identifizierbares Fahrer Onkogen oder Hafen Mutationen in KRAS und sind deshalb noch mit konventionellen Chemotherapie behandelt. Tumor-Suppressor-Gen-Anomalien, wie sie in TP53 (Ref. 6),STK11 (Ref. 7), CDKN2A 8. KEAP1 (Ref. 9) und SMARCA4 (Ref. 10) sind ebenfalls üblich, sind aber derzeit nicht klinisch verwertbare. Schließlich zeigt Lungenadenokarzinom hohe Raten der somatische Mutation und genomische Umlagerung, herausfordernde Identifizierung aller aber die häufigsten Fahrer Genveränderungen aufgrund einer großen Belastung der Passagier Ereignisse pro Tumorgenom 11. 12. 13. Unsere Bemühungen konzentrierten sich auf umfassende, plattformübergreif Analyse von Lungenadenokarzinom, mit Aufmerksamkeit auf Pathobiologie und klinisch verwertbare Ereignisse.

    Klinische Proben und histopathologischen Daten

    Wir analysierten Tumor und abgestimmt normalen Material aus 230 zuvor unbehandelten Lungenadenokarzinom-Patienten, die informierte Zustimmung zur Verfügung gestellt (Supplementary Tabelle 1). Alle wichtigen histologischen Typen von Lungenadenokarzinom waren vertreten: 5% lepidic, 33% acinar, 9% papillären, 14% mikropapillären, 25% fester, 4% invasive muzinöse, 0,4% Kolloid und 8% unklassifizierbare Adenokarzinom (Supplementary Abb. 1) 14 . die mediane Nachbeobachtungszeit betrug 19 Monate und 163 Patienten zum Zeitpunkt der letzten Nachuntersuchung am leben waren. Achtzig-ein Prozent der Patienten berichteten über Vergangenheit oder Gegenwart rauchen. Ergänzende Tabelle 2 fasst Demographie. DNA, RNA und Protein wurden aus Proben und Qualitätskontrollprüfungen extrahiert wurden wie zuvor 15. Zusätzliche Tabelle 3 fasst 16 cellularity Molekular Schätzungen von Tumor beschrieben durchgeführt.

    Somatisch DNA-Veränderungen erworben

    Wir führten Ganz Exoms Sequenzierung (WES) auf Tumor- und Keimbahn-DNA, mit einer mittleren Abdeckung von 97,6&# X000D7; und 95.8&# X000D7 ;, jeweils wie zuvor durchgeführte 17. Die mittlere somatische Mutationsrate über die TCGA Kohorte betrug 8,87 Mutationen pro Megabasen (Mb) der DNA (Bereich: 0,5&# X02013; 48, Median: 5,78). Der nicht auch Mutationsrate war 6,86 pro Mb. MutSig2CV 18 identifiziert signifikant mutierten Gene unter unseren 230 Fällen zusammen mit 182 ähnlich sequenziert, zuvor Lungenadenokarzinomen berichtet 12. Die Analyse dieser 412 Tumor / Normalpaare 18 hervorgehoben statistisch signifikante mutierter Gene (Abb. 1a zeigt Co-Mutation Grundstück von TCGA Proben (n = 230), Ergänzender Abb. 2 zeigt Co-Mutation Plot aller Proben in der statistischen Analyse verwendet (n = 412) und Ergänzungs Tabelle 4 enthält die komplette MutSig2CV Ergebnisse, die auf der TCGA Data Portal erscheinen auch zusammen mit vielen zugehörigen Datendateien (https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/luad_2014/). TP53 (46%), die üblicherweise mutiert war. Mutationen in KRAS (33%) waren gegenseitig aus den in EGFR (14%). BRAF wie waren ebenfalls (10%), die üblicherweise mutiert, PIK3CA (7%), GETROFFEN (7%) und die kleine GTPase-Gen, RIT1 (2%). Mutationen in Tumorsuppressorgenen einschließlich STK11 (17%), KEAP1 (17%), NF1 (11%), RB1 (4%) und CDKN2A (4%) beobachtet. Mutationen in Chromatin modifizierenden Gene SETD2 (9%), ARID1A (7%) und SMARCA4 (6%) und die RNA-Splicing-Gene RBM10 (8%) und U2AF1 (3%) waren ebenfalls üblich. Recurrent Mutationen in der MGA Gen traten bei 8% der Proben (die eine Max-interagierenden Protein auf der MYC-Weg 19 kodiert). Loss-of-function (Frameshift und Unsinn) Mutationen in MGA gegenseitig ausschlossen mit fokalen MEIN C Amplifikation (Fisher&# X02019; s exakte Test P = 0,04), ein bisher nicht gewürdigt möglicher Mechanismus von MYC Stoffwechselwegaktivierung hindeutet. Coding Einzel-Nukleotid-Varianten und indel Varianten wurden von Resequenzierung mit einer Rate von 99% und 100% verifiziert bzw. (Supplementary Abb. 3a. Ergänzende Tabelle 5). Tumor Reinheit wurde nicht mit dem Vorhandensein von falschen Negativen in den Validierungsdaten identifiziert ASSOCIATED (P = 0,31; Ergänzende Abb. 3b).

    Abbildung 1: Die somatische Mutationen in Adenokarzinom der Lunge.

    ein, Co-Mutation Grundstück von insgesamt Exoms Sequenzierung von 230 Lungenadenokarzinomen. Daten aus TCGA Proben wurden mit zuvor veröffentlichten Daten kombiniert 12 für die statistische Analyse. Co-Mutation Grundstück für alle in der statistischen Analyse verwendeten Proben (n = 412) können in Ergänzungs Abb gefunden werden. 2. Wesentliche Gene mit korrigierter P Wert von weniger als 0,025 wurden mit dem MutSig2CV Algorithmus identifiziert und werden in der Reihenfolge abnehmender Häufigkeit geordnet. b. c. Die Differenzmutationsmuster zwischen den Proben als Trans klassifiziert hohen und niedrigen Trans Proben (b ) Oder männlichen und weiblichen Patienten (c ) Für alle Proben in der statistischen Analyse verwendet, gezeigt (n = 412). Sterne zeigen statistische Signifikanz der Fisher mit&# X02019; s Exact Test (schwarze Sterne: q &# X3C; 0,05, grau-Sterne: P &# X3C; 0,05) und sind zur Probe benachbart mit dem höheren Anteil an mutierten Proben eingestellt.

    Ob Vergangenheit oder Gegenwart Rauchen mit Cytosin zu Adenin assoziiert (C &# X0003E; A) Nukleotid-Trans wie zuvor in einzelnen Genen und genomweite beschrieben beide 12. 13. C &# X0003E; Ein Nukleotid-Trans Fraktion zeigte zwei Peaks; diese Fraktion mit einer Gesamtzahl Mutation korreliert (R 2 = 0,30) und umgekehrt mit Cytosin zu Thymin (C korreliert &# X0003E; T) Übergangsfrequenz (R 2 = 0,75) (Supplementary Fig. 4). Wir klassifiziert jede Probe (ergänzende Methoden) in eine von zwei Gruppen mit den Namen Trans-high (TH, n = 269) und Trans-low (TL, n = 144). Die Transhohe Gruppe war stark mit der Vergangenheit oder Gegenwart Rauchen assoziiert (P &# X3C; 2.2 &# X000D7; 10 &# X02212; 16), im Einklang mit früheren Berichten 13. Die Transhohe und Trans niedrig Patientenkohorten beherbergte verschiedene Gen-Mutationen. Wohingegen KRAS Mutationen wurden in der Trans-Hoch Kohorte deutlich angereichert (P = 2,1 &# X000D7; 10 &# X02212; 13), EGFR Mutationen wurden in der Trans-Low-Gruppe signifikant angereichert (P = 3,3 &# X000D7; 10 &# X02212; 6). PIK3CA und RB1 Mutationen wurden ebenfalls in Trans-Low-Tumoren angereichert (P &# X3C; 0,05). Zusätzlich wurden die Trans-Low-Tumoren für In-Frame-Einfügungen speziell angereichert EGFR und ErbB2 (Ref. 5) und für Frameshift- indels in RB1 (Fig. 1b). RB1 wird allgemein in kleinzelligen Lungenkarzinom (SCLC) mutiert. Wir fanden RB1 Mutationen in Trans-low-Adenokarzinome wurden für Frameshift- indels gegen einzelne Nukleotidsubstitutionen angereichert im Vergleich zu SCLC (P &# X3C; 0,05) 20. 21 einen Mutations-Mechanismus in Trans-Low-Adenokarzinom was darauf hindeutet, dass das Rauchen in SCLC wahrscheinlich verschieden ist.

    Geschlecht korreliert mit Mutation Muster in Lungenadenokarzinom 22. Nur ein Bruchteil deutlich mutierten Gene aus dem kompletten Satz in dieser Studie berichtet (Abb. 1a) wurden bei Männern oder Frauen angereichert (Abb. 1c). EGFR Mutationen wurden in Tumoren der weiblichen Kohorte angereichert (P = 0,03), während loss-of-function Mutationen innerhalb RBM10. ein RNA-bindendes Protein auf dem X-Chromosom 23 wurden in Tumoren von Menschen angereichert (P = 0,002). Bei der Prüfung der Transhohen Gruppe, 16 von 21 RBM10 Mutationen wurden bei Männern beobachtet (P = 0,003, Fisher&# X02019; s genauen Test).

    Somatische Kopienzahl Veränderungen waren sehr ähnlich wie jene, die zuvor für Lungenadenokarzinom berichtet 24 (Supplementary Abb. 5. Ergänzende Tabelle 6). Signifikante Amplifikationen enthalten NKX2-1, TERT, MDM2, KRAS, EGFR, MET, CCNE1, CCND1, TERC und MECOM (Ergänzende Tabelle 6), wie zuvor beschrieben, 24. 8q24 in der Nähe von MEIN C, und eine neue Spitze enthält, CCND3 (Ergänzende Tabelle 6). Das CDKN2A Locus war der bedeutendste Deletion (Supplementary Tabelle 6). Ergänzende Tabelle 7 fasst molekularen und klinischen Eigenschaften von Probe. Tiefpassgesamtgenom-Sequenzierung auf einer Untergruppe (n = 93) der Proben ergab einen Durchschnitt von 36-Gens&# X02013; Gen und Gen&# X02013; inter Genumlagerungen pro Tumor. Chromothripsis 25 traten bei sechs der 93 Proben (6%) (Supplementary Abb. 6. Ergänzende Tabelle 8). Tiefpass ganze Genom-Sequenzierung erkannt Umlagerungen erscheinen in Ergänzungs Tabelle 9.

    Beschreibung der anomalen RNA-Transkripte

    Genfusionen, Spleißstellen-Mutationen oder Mutationen in Genen, die für Spleißfaktoren fördern oder den bösartigen Phänotyp aufrechtzuerhalten durch anomale RNA-Transkripte zu erzeugen. Kombination von DNA mit mRNA-Sequenzierung ermöglichte aberrant RNA-Transkripte zu katalogisieren und, in vielen Fällen die DNA-kodierter Mechanismus für die Aberration zu identifizieren. Fünfundsiebzig Prozent der somatischen Mutationen durch WES identifiziert wurden, waren in der RNA-Transkriptom, wenn der Ort in Frage ausgedrückt wurde (mindestens 5&# X000D7;.) (Supplementary 7a) ähnlich vor Analysen 15 zuvor identifizierten Fusionen beteiligt ALK (3/230 Fälle), ROS1 (4/230) und RET (2/230) (Abb. 2a. Ergänzende Tabelle 10), alle traten in Trans-Low-Tumoren (P = 1,85 &# X000D7; 10 &# X02212; 4. Fischer&# X02019; s genauen Test).

    Abbildung 2: Aberrant RNA-Transkripte in Lungenadenokarzinom mit somatischen DNA-Translokation oder Mutation verbunden.

    ein, Normierte Exon Ebene RNA-Expression in Fusionsgens Partner. Graue Kästchen um Gene markieren die Regionen, die als Folge der Fusion entfernt. Knotenpunkte der Fusionsereignisse werden auch in Ergänzungs Tabelle aufgelistet 9. Exon Zahlen beziehen sich Transkripte in Ergänzende Tabelle 9 aufgeführt zu verweisen. b,GETROFFEN Exon 14 Skipping in Gegenwart von Exon 14-Spleißstelle Mutation (ss mut), Spleißstelle Deletion (ss del) oder Y1003 * Mutation beobachtet. Insgesamt 22 Proben hatten unzureichende Abdeckung um Exon 14 zur Quantifizierung. Der Prozentsatz Skipping ist (Gesamt Ausdruck minus Exon 14-Expression) / Gesamt Ausdruck. c, Signifikante Unterschiede in der Frequenz von 129 alternativen Spleißvorgängen in mRNA von Tumoren mit U2AF1 S34F Tumoren im Vergleich zu U2AF1 WT-Tumoren (q Wert &# X3C; 0,05). In Übereinstimmung mit der Funktion der in 3 U2AF1&# X02032; Spleißstelle Anerkennung, die meisten Spleißen Unterschiede beteiligt Kassette Exon und Alternative 3&# X02032; Spleißstelle Ereignisse (Chi-Quadrat-Test, P &# X3C; 0,001).

    GETROFFEN Aktivierung kann durch Exon-Skipping 14 auftreten, die in einer stabilisierten Protein ergibt 26. Ten Tumoren hatten somatischen GETROFFEN DNA-Veränderungen mit GETROFFEN Exon 14-Skipping in RNA. In neun dieser Proben 5&# X02032; oder 3&# X02032; Spleißstelle Mutation oder Deletion wurde 27 identifiziert. GETROFFEN Exon-Skipping 14 wurde auch in der Einstellung eines gefundenen GETROFFEN Y1003 * Stop-Codon Mutation (Abb. 2b. Ergänzende Abb. 8a). Das Codon durch die Y1003 * Mutation beeinflusst wird vorhergesagt, Splicing mehrere Enhancer-Sequenzen zu stören, aber der Mechanismus des Überspringens bleibt in diesem Fall unbekannt.

    S34F Mutationen in U2AF1 vor kurzem wurden in Lungenadenokarzinom 12, aber ihr Beitrag zur Onkogenese bleibt unbekannt berichtet. Acht Proben beherbergte U2AF1 S34F. Wir identifizierten 129 Splicingereignisse stark im Zusammenhang mit U2AF1 S34F Mutation, was mit der Rolle der U2AF1 in 3&# X02032; -spleiß Standortwahl 28. Cassette Exons und Alternative 3&# X02032; Spleißstellen wurden am häufigsten betroffen (Abb. 2c. Ergänzende Tabelle 11) 29. Unter diesen Ereignissen alternatives Spleißen der CTNNB1 Proto-Onkogen wurde mit stark im Zusammenhang U2AF1 Mutationen (Supplementary Abb. 8b). Somit ermöglichte die gleichzeitige Analyse von DNA und RNA Abgrenzung von sowohl cis und trans Mechanismen der RNA-Prozessierung in Lungenadenokarzinom regeln.

    Candidate Treiber Gene

    Die Rezeptor-Tyrosinkinase (RTK) / RAS / RAF-Weg wird häufig in Lungenadenokarzinom mutiert. Striking therapeutische Reaktionen erreicht oft, wenn mutierten Weg Komponenten erfolgreich gehemmt werden. Zweiundsechzig Prozent (143/230) von Tumoren bekannt beherbergte Mutationen in bekannten Treiber Onkogene Aktivierung, wie von anderen 30-Krebs-assoziierte Mutationen definiert in KRAS (32%, n = 74), EGFR (11%, n = 26) und BRAF (7%, n = 16) waren an der Tagesordnung. Weitere, bisher nicht charakterisiertes KRAS. EGFR und BRAF Mutationen wurden beobachtet, wurden aber als Fahrer Onkogenen für die Zwecke unserer Analysen (siehe Zusatz 9a zur Darstellung aller Mutationen bekannter und unbekannter Bedeutung.) nicht klassifiziert; Erläuterung der unterschiedlichen Mutationshäufigkeiten in jedem Gen zwischen dieser Analyse und die gesamte oben beschriebene Mutationsanalyse. Wir identifizierten auch bekannt Aktivierungs ErbB2 in-frame-Mutationen Einsetzen und Punkt (n = 5) 6. sowie Mutationen in MAP2K1 (n = 2), NRB und HRAS (n = Je 1). RNA-Sequenzierung ergab die vorgenannten GETROFFEN Exon 14-Skipping (n = 10) und Fusionen beteiligt ROS1 (n = 4), ALK (n = 3) und RET (n = 2). Wir betrachteten diese Tumoren kollektiv als Onkogen-positiv, da sie einen bekannten Aktivierungs RTK / RAS / RAF Weg somatische Ereignis barg. DNA-Amplifikation Ereignisse wurden nicht vor den Vergleichen unten beschrieben wird Fahrer Ereignisse betrachtet.

    Wir versuchten, bisher nicht erkannte genomische Ereignisse zu benennen, die diesen kritischen Weg in der 38% der Proben ohne RTK / RAS / RAF-Onkogen-Mutation aktivieren könnten. Tumorzellgehalt unterschied sich nicht zwischen Onkogen-negativen und Onkogen-positiven Proben (Supplementary Abb. 9b). Die Analyse der Anzahl Änderungen Kopie mit gistik 31 einzigartigen Schwerpunkt identifiziert ErbB2 und GETROFFEN Verstärkungen im Onkogen-negativen Untergruppe (Abb. 3a Ergänzungs Tabelle 6.); Amplifikationen in anderen Wildtyp-Proto-Onkogene, einschließlich KRAS und EGFR, zwischen den beiden Gruppen nicht signifikant unterschiedlich waren.

    Abbildung 3: Identifizierung neuer Kandidatengene Treiber.

    ein, Gistik Analyse von fokalen Amplifikationen in Onkogen-negativ (n = 87) und Onkogen-positiv (n = 143) TCGA Proben identifiziert Schwer Gewinne von GETROFFEN und ErbB2 , die spezifisch auf die Onkogen-negativen Satz (violett). b,TP53, KEAP1, NF1 und RIT1 Mutationen sind in Proben sonst fehlen Onkogen-Mutationen signifikant angereichert (bereinigt P &# X3C; 0,05 von Fisher&# X02019; s genauen Test). c, Co-Mutation Grundstück von Varianten bekannter Bedeutung innerhalb der RTK / RAS / RAF Weg in Lungenadenokarzinom. Nicht gezeigt sind die 63 Tumoren eine identifizierbare Fahrer Läsion fehlt. Nur kanonische Fahrer Ereignisse, wie in Abb Ergänzungs definiert. 9. und vorgeschlagenen Treiber Ereignisse, gezeigt; daher wurde nicht gefunden jede Veränderung angezeigt. d, Onkogene neuen Kandidaten-Treiber (blau: 13% der Fälle) und bekannte somatisch aktivierte Treiber Ereignisse (rot: 63%), die die RTK / RAS / RAF Signalweg aktivieren kann in der Mehrzahl der 230 Lungenadenokarzinomen gefunden werden.

    Wir analysierten nächste WES Daten unabhängig in den Onkogen-negativen und Onkogen-positive Untergruppen. Wir haben das gefunden TP53. KEAP1. NF1 und RIT1 Mutationen wurden in Onkogen-negativen Tumoren signifikant angereichert (P &# X3C; 0,01; Feige. 3b. Ergänzende Tabelle 12). NF1 Mutationen wurden zuvor in Lungenadenokarzinom 11. berichtet worden, aber dies ist die erste Studie, um unser Wissen, der fähig ist, alle Klassen von loss-of-function Identifizierung NF1 Defekte und statistisch zu zeigen, daß NF1 Mutationen, sowie KEAP1 und TP53 Mutationen werden in der Onkogen-negativen Untergruppe von Lungenadenokarzinomen (Fig. 3c) angereichert. Alle RIT1 Mutationen traten in der Onkogen-negativen Untergruppe und um Rest Q79 (homolog zu Q61 gruppierten im Schalter-II-Region RAS Gene). Diese Mutationen verwandeln NIH3T3-Zellen und aktivieren MAPK und PI (3) K Signalisierung 32 eine Treiberrolle Unterstützung für mutanten RIT1 in 2% Lungenadenokarzinomen. Diese Analyse erhöht die Rate, mit der putative somatischen Lungenadenokarzinom Fahrer Ereignisse innerhalb der RTK / RAS / RAF-Weg auf 76% (Fig. 3d) identifiziert werden.

    Wiederholte Änderungen in Schlüsselwege

    Recurrent Abbildungsfehler in mehreren Schlüsselwege und Prozesse zu charakterisieren Lungenadenokarzinom (Abb. 4a). Unter diesen waren RTK / RAS / RAF Stoffwechselwegaktivierung (76% der Fälle), PI (3) K-mTOR Signalweg-Aktivierung (25%), p53-Signalweg Veränderung (63%), Veränderung der Zyklusregulatoren Zelle (64%, Ergänzender Abb 10)., die Änderung des oxidativen Stresses Wege (22%, Ergänzender Fig. 11), und die Mutation von verschiedenen Chromatin und RNA Spleißfaktoren (49%).

    Abbildung 4: Pathway Veränderungen in Adenokarzinom der Lunge.

    ein, Somatische Veränderungen denen wichtige Weg Komponenten für RTK-Signalisierung, mTOR-Signalisierung, oxidative Stressreaktion, Proliferation und Zellzyklus-Progression, Nukleosomen Umbau, Histon-Methylierung und RNA-Splicing / Verarbeitung. b. c, Proteomanalyse von RPPA (n = 181) P Werte, die durch beidseitiges t -Test. Box-Plots repräsentieren 5%, 25%, 75%, Median und 95%. PP, proximal proliferative; TRU, Terminal Atemgerät; PI, proximale entzündliche. c, mTOR Signalisierung kann von jeder Akt aktiviert werden (beispielsweise über PI (3) K) oder Inaktivierung von AMPK (beispielsweise über STK11 Verlust). Die Tumore wurden in drei Hauptgruppen unterteilt: diejenigen mit PI (3) K-AKT-Aktivierung, durch entweder PIK3CA aktivierende Mutation oder unbekannten Mechanismus (hohe p-AKT); diejenigen mit LKB1-AMPK-Inaktivierung, entweder durch STK11 Mutation oder unbekannten Mechanismus mit geringen Mengen an LKB1 und p-AMPK; und diejenigen, zeigt keine der oben genannten Merkmale.

    Wir untersuchten dann die phänotypische Folgen einiger wichtiger genomischen Ereignisse in den Tumoren, in denen sie aufgetreten sind. Reverse-Phase-Protein-Arrays Proteomics und phosphoproteomic phänotypischen Nachweis der Signalweg-Aktivität zur Verfügung gestellt. Antikörper auf dieser Plattform aufgeführt sind in Ergänzende Tabelle 13. Diese Analyse vorgeschlagen, dass die DNA-Sequenzierung nicht identifizieren alle Proben mit Phosphoprotein Nachweis der Aktivierung eines bestimmten Signalwegs. Während beispielsweise KRAS -mutant Lungenadenokarzinomen hatten höhere phosphorylierten MAPK als KRAS Wildtyp-Tumoren hatten im Durchschnitt viele KRAS Wildtyp-Tumoren zeigten eine signifikante MAPK Signalweg-Aktivierung (Abb. 4b. Ergänzende Abb. 10). Die mehrere Mechanismen, durch die Lungenadenokarzinomen MAPK Aktivierung deuten darauf hin, zusätzliche, noch unentdeckt RTK / RAS / RAF Weg Veränderungen erreichen. In ähnlicher Weise fanden wir signifikante Aktivierung von mTOR und seine Effektoren (p70S6kinase, S6, 4E-BP1) in einem wesentlichen Anteil der Tumoren (Abb. 4c). Analyse von Mutationen in PIK3CA und STK11. STK11 Proteinspiegel und AMPK und AKT-Phosphorylierung 33 zur Identifizierung von drei Haupt mTOR-Muster in Lungenadenokarzinom geführt: durch entweder (1) Tumoren mit minimaler oder basaler mTOR Signalweg-Aktivierung, (2) Tumoren zeigt höhere Aktivität begleitet mTOR STK11 -Mutation oder kombiniert niedrige STK11 Ausdruck und niedrige AMPK-Aktivierung und (3) Tumoren zeigt hohe mTOR-Aktivität begleitet von entweder phosphoryliert AKT-Aktivierung zu inaktivieren, PIK3CA Mutation oder beides. vielen Tumoren fehlt eine offensichtliche zugrunde liegenden genomischen Veränderung zu erklären, ihre scheinbare mTOR-Aktivierung Wie bei MAPK.

    Molekulare Subtypen von Lungenadenokarzinom

    Broad Transkriptions und epigenetische Profilierung kann nachgelagerten Folgen Fahrer Mutationen zeigen, liefern klinisch relevante Klassifikation und bieten Einblick in Tumoren fehlen klare Treiber. Vor unüberwachten Analysen von Lungenadenokarzinom Genexpression haben unterschiedliche Nomenklatur für die Transkriptions Subtypen der Erkrankung verwendet 34. 35. 36. 37. Zur Benennung der Transkriptions Subtypen mit den histopathologischen 38. anatomischen und Mutations-Einstufungen von Lungenadenokarzinom koordinieren, schlagen wir eine aktualisierte Nomenklatur: die Klemme Atmungseinheit (TRU, früher bronchioid), der proximal-inflammatory (PI, früher squamoid) und die proximal-proliferative (PP, früher Magnoid) 39 Transkriptions Subtypen (Fig. 5a). Zuvor Vereinigungen Ausdrucks Signaturen mit Wegen und klinische Ergebnisse berichtet 34. 36. 39 wurden beobachtet (Supplementary Abb. 7b) und die Integration mit Multi-Analyt-Daten zeigten statistisch signifikante genomische Veränderungen mit diesen Transkriptions Subtypen assoziiert. Die PP-Subtyp wurde Mutation angereichert von KRAS. zusammen mit der Inaktivierung des STK11 Tumor-Suppressor-Gens durch Chromosomenverlust, Inaktivierung Mutation und reduzierte Genexpression. Im Gegensatz dazu wurde der PI-Subtyps durch Fest Histopathologie und Co-Mutation gekennzeichnet NF1 und TP53. Schließlich beherbergt das TRU-Subtyp die Mehrheit der EGFR -mutierte Tumoren sowie die Kinase-Fusions exprimierenden Tumoren. TRU-Subtyp Mitgliedschaft war prognostisch günstig, wie zuvor 34 gesehen (Supplementary Abb. 7c). Schließlich zeigten die Subtypen unterschiedlichen Mutationsraten, Übergangsfrequenzen, genomische Ploidie Profile, Muster der großen Abweichung, und unterschieden sich in ihrer Verbindung mit dem Rauchen Geschichte (Abb. 5a). Unbeaufsichtigte Clustering von miRNA-Sequenzierung abgeleiteten oder Reverse-Phase-Protein-Array (RPPA) abgeleitetes Daten auch signifikante Heterogenität ergab, teilweise überlappend mit den mRNA-basierten Subtypen, wie in Ergänzungs Figuren 12 und 13 gezeigt.

    Abbildung 5: Integrative Analyse.

    ein &# X02013;c. Die Integration von unüberwachten Analysen von 230 Lungenadenokarzinomen zeigt signifikante Wechselwirkungen zwischen molekularen Subtypen. Geschwülste werden als Spalten angezeigt, gruppiert nach mRNA-Expression-Subtypen (ein ), DNA-Methylierungs-Subtypen (b ) Und integrierte Subtypen von iCluster Analyse (c ). Alle angezeigten Funktionen sind deutlich mit Subtypen dargestellt verbunden. Der CIMP Phänotyp wird durch die variabelste CpG-Insel und Promotorsonden definiert.

    Mutationen in Chromatin-modifizierenden Genen (zB SMARCA4. ARID1A und SETD2 ) Deuten auf eine wichtige Rolle Wartung in Lungenadenokarzinom für Chromatin. Um Chromatinzustände in unvoreingenommen untersuchen, wählten wir die meisten variablen DNA-Methylierungs-spezifischen Sonden in CpG-Insel-Promotorregionen und gruppierte sie durch Methylierung Intensität (Supplementary Tabelle 14). Diese Analyse aufgeteilt Proben in zwei verschiedene Untergruppen: eine signifikant verändert CpG-Insel Methylator Phänotyp-hoch (CIMP-H (igh)) Cluster und eine normalere artigen CIMP-L (ow) Gruppe, mit einem dritten Satz von Proben belegen einen Zwischen Methylierungsgrad an CIMP Stellen (Abb. 5b). Unsere Ergebnisse bestätigen einen vorherigen Bericht 40 und weitere Einblicke in diese epigenetische Programm bieten. CIMP-H Tumoren zeigten oft DNA-Hypermethylierung von mehreren wichtigen Gene: CDKN2A, GATA2, GATA4, GATA5, HIC1, HOXA9, HOXD13, RASSF1. SFRP1, SOX17 und WIF1 unter anderem (Supplementary Abb. 14). Wnt-Signalweg-Gene werden in dieser Liste deutlich überrepräsentiert (P Wert = 0,0015) darauf hindeutet, dass dies eine wichtige Rolle als treibende Kraft innerhalb dieser Subtyp ein wichtiger Weg ist. MEIN C Überexpression wurde deutlich im Zusammenhang mit dem CIMP-H-Phänotyp als auch (P = 0,003).

    Obwohl wir nicht signifikante Korrelationen zwischen den globalen DNA-Methylierungsmuster und einzelne Mutationen in Chromatin-Remodeling-Gene gefunden haben, war es eine faszinierende Verbindung zwischen SETD2 Mutation und CDKN2A Methylierung. Malignomen mit niedrigen CDKN2A Ausdruck aufgrund Methylierung (anstatt aufgrund einer Mutation oder Deletion) hatten niedrigere Ploidie, insgesamt weniger Mutationen (Abb. 5c) und waren signifikant angereichert SETD2 Mutation, eine wichtige Rolle für diese Chromatin-modifizierenden Gen in der Entwicklung bestimmter Tumoren hinweist.

    Integrative Clustering 41 der Kopienzahl, die DNA-Methylierung und mRNA-Expression Daten gefunden sechs Cluster (Abb. 5c). Tumor-Ploidie und Mutationsrate höher sind in Cluster 1&# X02013; 3 als in Cluster 4&# X02013; 6. Cluster 1&# X02013; 3 häufig Hafen TP53 Mutationen und für die beiden proximalen Transkriptions Subtypen angereichert. Fischer&# X02019; s kombinierten Wahrscheinlichkeitstests zeigten signifikante Kopienzahl assoziiert Veränderungen der Genexpression auf 3q in Cluster ein, 8Q in Cluster zwei und Chromosom 7 und 15q in Cluster drei (Supplementary Abb. 15). Die niedrige Ploidie und niedrige Mutationsrate Cluster vier und fünf enthalten viele TRU-Proben, während Tumoren in Cluster 6 vergleichsweise geringeren Tumor cellularity haben, und einige andere molekulare Merkmale unterscheiden. Signifikante Kopienzahl-assoziierten Veränderungen der Genexpression auf 6q in Cluster vier und 19p in Cluster fünf beobachtet. Die CIMP-H-Tumoren in hoher Ploidie unterteilt, hohe Mutationsrate, proximal-entzündliche CIMP-H-Gruppe (Cluster 3) und eine niedrige Ploidie, niedrige Mutationsrate, TRU-assoziierte CIMP-H-Gruppe (Cluster 4), was darauf hindeutet, dass die CIMP Phänotyp in Lungenadenokarzinom kann in deutlich unterschiedlichen genomischen und Transkriptions Kontexten auftreten. Darüber hinaus Cluster vier angereichert CDKN2A Methylierung und SETD2 Mutationen, eine Interaktion zwischen somatische Mutation was darauf hindeutet, SETD2 und dereguliert Chromatin Wartung in diesem Subtyp. Schließlich wurde Clustermitgliedschaft signifikant mit Mutationen assoziiert in TP53. EGFR und STK11 (Supplementary Abb. 15. Ergänzende Tabelle 6).

    Schlussfolgerungen

    Wir untersuchten die Mutation Profile, Strukturänderungen, Kopienzahl Veränderungen, die DNA-Methylierung, mRNA, miRNA und Proteinexpression von 230 Lungenadenokarzinomen. In den letzten Jahren hat sich die Behandlung von Lungenadenokarzinom durch die Entwicklung von Therapien, die gegen mehrere Veränderungen in der RTK / RAS / RAF-Weg vorgeschoben worden ist. Wir nominieren Amplifikationen in GETROFFEN und ErbB2 sowie Mutationen NF1 und RIT1 speziell in sonst Onkogen-negativen Lungenadenokarzinomen als Fahrer Ereignisse. Diese Analyse erhöht den Anteil von Lungenadenokarzinom Fälle mit somatischen Beweise für RTK / RAS / RAF-Aktivierung von 62% auf 76%. Während alle Lungenadenokarzinomen kann diesen Weg durch einen Mechanismus zu aktivieren, nur eine Teilmenge zeigen Tonikum Stoffwechselwegaktivierung auf Proteinebene, was darauf hindeutet, sowohl Unterschiede zwischen den Tumoren mit scheinbar ähnlichen aktivierenden Ereignisse und noch nicht beschriebene Mechanismen der Signalweg-Aktivierung. Daher erweitert die aktuelle Studie die Bandbreite möglicher anzielbare Veränderungen innerhalb der RTK / RAS / RAF-Weg im Allgemeinen und schlägt vor, verstärkte Umsetzung von MET und ErbB2 / HER2-Inhibitoren im Besonderen. Unsere Entdeckung von inaktivierende Mutationen von MGA weiter unterstreicht die Bedeutung des MYC-Weg in Lungenadenokarzinom.

    Diese Studie weiter impliziert sowohl Chromatinmodifikationen und Spleißen Veränderungen in Adenokarzinom der Lunge durch die Integration von DNA, Transkriptom und Methylom Analyse. Wir identifizierten alternatives Spleißen aufgrund beiden Spleißfaktors Mutationen in trans und Mutation von Spleißstellen in cis. letztere auf die Aktivierung des führenden GETROFFEN Gen von Exon 14-Skipping. Die Clusteranalyse Tumoren getrennt basierend auf Single-Gen-Treiber-Events sowie große Verirrungen, Lungenadenokarzinom betont&# X02019; s molekularen Heterogenität und kombinatorische Veränderungen, einschließlich der Identifizierung von übereinstimm SETD2 Mutationen und CDKN2A Methylierung in einer Untergruppe von CIMP-H-Tumoren, Beweise für eine somatische Ereignis bietet mit einer genomweiten Methylierungs Phänotyp assoziiert. Diese Studien liefern neue Erkenntnisse durch Formen der genomischen Veränderung, Hervorhebung zuvor unappreciated veränderten Gene Beleuchtung und ermöglicht weitere Verfeinerung in Unterklassifizierung für die verbesserte Personalisierung der Behandlung für diese tödliche Krankheit.

    Methoden

    Alle Proben wurden von Patienten mit entsprechender Zustimmung der relevanten Institutional Review Board erhalten. DNA und RNA wurden aus den Proben unter Verwendung des AllPrep Kit (Qiagen) aufgefangen. Wir verwendeten Standardansätze für die Erfassung und Sequenzierung von exomes von Tumor-DNA und normale DNA 15 und des gesamten Genoms Shotgun-Sequenzierung. Deutlich wurden mutierte Gene wurde durch Vergleich mit der Erwartung Modelle auf der Grundlage der genaue Messraten von spezifischen Sequenz Läsionen 42. gistik Analyse des kreis binär segmentiert Affymetrix SNP 6.0 Kopienzahl-Daten identifiziert verwendet, um wiederkehrende Verstärkung und Löschung Spitzen 31. Consensus identifizieren mit bisherigen Ansätzen Clustering Ansätze wurden verwendet, mRNA, miRNA und Methylierungs-Subtypen zu analysieren 15. Die Veröffentlichung Web-Seite ist (https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/luad_2014/). Sequence-Dateien sind in CGHub (https://cghub.ucsc.edu/).

    Referenzen

    • Abstrakt •
    • Einführung •
    • Klinische Proben und histopathologischen Daten •
    • Somatisch DNA-Veränderungen erworben •
    • Beschreibung der anomalen RNA-Transkripte •
    • Candidate Treiber Gene •
    • Wiederholte Änderungen in Schlüsselwege •
    • Molekulare Subtypen von Lungenadenokarzinom •
    • Schlussfolgerungen •
    • Methoden •
    • Referenzen •
    • Danksagungen •
    • Informationen zum Autor •
    • Zusatzinformationen
      1. Paez, J. G. et al.EGFR Mutationen bei Lungenkrebs: Korrelation mit dem klinischen Ansprechen auf Gefitinib-Therapie. Wissenschaft 304. 1497 &# X02013; 1500 (2004)
        • CAS
        • ISI
        • PubMed
        • Artikel
        • Kwak, E. L. et al. Anaplastisches Lymphom-Kinase-Hemmung in nicht-kleinzelligem Lungenkrebs. N. Engl. J. Med. 363. 1693 &# X02013; 1703 (2010)
          • CAS
          • ISI
          • PubMed
          • Artikel
          • Bergethon, K. et al. ROS1 Umlagerungen definieren eine einzigartige molekulare Klasse von Lungenkrebs. J. Clin Oncol. 30. 863 &# X02013; 870 (2012)
            • CAS
            • PubMed
            • Artikel
            • Delong, A. et al. Reaktion bei Patienten mit RET-Fusion-positive Lungenadenokarzinomen zu Cabozantinib. Cancer Discov. 3. 630 &# X02013; 635 (2013)
              • CAS
              • PubMed
              • Artikel
              • Stephens, P. et al. Lungenkrebs: intragenischen ErbB2-Kinase-Mutationen in Tumoren. Nature 431. 525 &# X02013; 526 (2004)
                • CAS
                • ISI
                • PubMed
                • Artikel
                • Takahashi, T. et al. p53: ein häufiges Ziel für genetische Anomalien bei Lungenkrebs. Wissenschaft 246. 491 &# X02013; 494 (1989)
                  • CAS
                  • ISI
                  • PubMed
                  • Artikel
                  • Sanchez-Cespedes, M. et al. Die Inaktivierung von LKB1 / STK11 ist ein häufiges Ereignis in Adenokarzinomen der Lunge. Cancer Res. 62. 3659 &# X02013; 3662 (2002)
                    • CAS
                    • ISI
                    • PubMed
                    • Shapiro, G. I. et al. Gegenseitige Rb Inaktivierung und p16 INK4 Expression in primären Lungenkrebs und Zelllinien. Cancer Res. 55. 505 &# X02013; 509 (1995)
                      • CAS
                      • ISI
                      • PubMed
                      • Singh, A. et al. Dysfunctional KEAP1&# X02013; NRF2 Interaktion in nicht-kleinzelligem Lungenkrebs. PLoS Med. 3. e420 (2006)
                        • CAS
                        • PubMed
                        • Artikel
                        • Medina, P. P. et al. Häufig BRG1 / SMARCA4 -Mutationen in menschlichen Lungenkrebs-Zelllinien zu inaktivieren. Summen. Mutat. 29. 617 &# X02013; 622 (2008)
                          • CAS
                          • ISI
                          • PubMed
                          • Artikel
                          • Ding, L. et al. Somatische Mutationen betreffen Schlüsselwege in der Lunge Adenokarzinom. Nature 455. 1069 &# X02013; 1075 (2008)
                            • CAS
                            • ISI
                            • PubMed
                            • Artikel
                            • Imielinski, M. et al. Die Abbildung der Markenzeichen von Lungenadenokarzinom mit massiv parallelen Sequenzierung. Zelle 150. 1107 &# X02013; 1120 (2012)
                              • CAS
                              • PubMed
                              • Artikel
                              • Govindan, R. et al. Genomische Landschaft von nicht-kleinzelligem Lungenkrebs bei Rauchern und Nichtrauchern. Zelle 150. 1121 &# X02013; 1134 (2012)
                                • CAS
                                • PubMed
                                • Artikel
                                • Travis, W. D. Brambilla, E. & Riely, G. J. Neue pathologischen Klassifizierung von Lungenkrebs: Relevanz für die klinische Praxis und klinischen Studien. J. Clin. Oncol. 31. 992 &# X02013; 1001 (2013)
                                  • CAS
                                  • PubMed
                                  • Artikel
                                  • Die Cancer Genome Atlas Research Network Umfassende genomischen Charakterisierung von Plattenepithel-Lungenkrebs. Nature 489. 519 &# X02013; 525 (2012)
                                    • CAS
                                    • PubMed
                                    • Artikel
                                    • Carter, S. L. et al. Absolute Quantifizierung von somatischen DNA-Veränderungen in menschlichen Krebs. Nature Biotechnol. 30. 413 &# X02013; 421 (2012)
                                      • Artikel
                                      • Cibulskis, K. et al. Sensitiven Nachweis von somatischen Punktmutationen in unreiner und heterogenen Krebsproben. Nature Biotechnol. 31 213 &# X02013; 219 (2013)
                                      • Lawrence, M. S. et al. Entdeckung und Sättigungsanalyse von Krebsgenen in 21 Tumorarten. Nature 505. 495 &# X02013; 501 (2014)
                                        • CAS
                                        • PubMed
                                        • Artikel
                                        • Hurlin, P. J. Steingrimsson, E. Copeland, N. G. Jenkins, N. A. & Eisenman, R. N. Mga, ein Dual-Spezifität Transkriptionsfaktor, der mit Max in Wechselwirkung tritt und enthält ein T-Domäne DNA-Bindungsmotiv. EMBO J. 18 7019 &# X02013; 7028 (1999)
                                          • CAS
                                          • ISI
                                          • PubMed
                                          • Artikel
                                          • Peifer, M. et al. Integrative Genomanalysen Schlüssel somatische Mutationen Fahrer von Lungenkrebs kleinzelligen identifizieren. Nature Genet. 44. 1104 &# X02013; 1110 (2012)
                                            • Artikel
                                            • Rudin, C. M. et al. Umfassende Genomanalyse identifiziert SOX2 Als häufig amplifizierten Gens in Lungenkrebs kleinzelligen. Nature Genet. 44. 1111 &# X02013; 1116 (2012)
                                              • Artikel
                                              • Tokumo, M. et al. Die Beziehung zwischen den epidermalen Wachstumsfaktor-Rezeptor-Mutationen und klinisch-pathologische Merkmale in nicht-kleinzelligem Lungenkrebs. Clin. Cancer Res. 11. 1167 &# X02013; 1173 (2005)
                                                • CAS
                                                • ISI
                                                • PubMed
                                                • Coleman, M. P. et al. Ein neues Gen, DXS8237E liegt innerhalb von 20 kb stromaufwärts von UBE1 in Xp11.23 und hat eine andere X-Inaktivierung Status. Genomics 31 135 &# X02013; 138 (1996)
                                                  • CAS
                                                  • PubMed
                                                  • Artikel
                                                  • Weir, B. A. et al. Charakterisierung der Krebs-Genom in Lungenadenokarzinom. Nature 450. 893 &# X02013; 898 (2007)
                                                    • CAS
                                                    • ISI
                                                    • PubMed
                                                    • Artikel
                                                    • Stephens, P. J. et al. Massiver genomische Umlagerung in einem einzigen katastrophalen Ereignisses während der Krebsentwicklung erworben. Zelle 144 27 &# X02013; 40 (2011)
                                                      • CAS
                                                      • ISI
                                                      • PubMed
                                                      • Artikel
                                                      • Kong-Beltran, M. et al. Somatische Mutationen führen zu einer onkogenen Deletion von Met in Lungenkrebs. Cancer Res. 66. 283 &# X02013; 289 (2006)
                                                        • CAS
                                                        • ISI
                                                        • PubMed
                                                        • Artikel
                                                        • Seo, J. S. et al. Die Transkriptions Landschaft und Mutations-Profil von Lungenadenokarzinom. Genome Res. 22. 2109 &# X02013; 2119 (2012)
                                                          • CAS
                                                          • PubMed
                                                          • Artikel
                                                          • Wu, S. Romfo, C. M. Nilsen, T. W. & Grün, M. R. Functional Anerkennung der 3&# X02032; Spleißstelle AG durch den Spleiß Faktor U2AF 35. Nature 402 832 &# X02013; 835 (1999)
                                                            • CAS
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                                                            • Artikel
                                                            • Brooks, A. N. et al. Eine pan-Krebs-Analyse von Transkriptom Veränderungen im Zusammenhang mit somatischen Mutationen in U2AF1 offenbart häufig Splicingereignisse verändert. PLoS ONE 9. e87361 (2014)
                                                              • CAS
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                                                              • Pao, W. & Hutchinson, K. E. Chipping an der Lungenkrebs-Genom entfernt. Nature Med. 18. 349 &# X02013; 351 (2012)
                                                                • Artikel
                                                                • Beroukhim, R. et al. Die Beurteilung der Bedeutung von Chromosomenaberrationen bei Krebs: Methodik und Anwendung auf Gliom. Proc. Natl Acad. Sci. USA 104 20007 &# X02013; 20012 (2007)
                                                                  • PubMed
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                                                                  • Berger, A. H. et al. Onkogene RIT1 Mutationen in Adenokarzinom der Lunge. Oncogene http://dx.doi.org/10.1038/onc.2013.581 (2014)
                                                                  • Creighton, C. J. et al. Proteomik und transkriptomischen Profilierung zeigt einen Zusammenhang zwischen der PI3K-Signalweg und unteren Östrogen-Rezeptor (ER) Ebenen und Aktivität in ER + Brustkrebs. Breast Cancer Res. 12. R40 (2010)
                                                                    • CAS
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                                                                    • Wilkerson, M. D. et al. Differential Pathogenese der Lungenadenokarzinom Subtypen beteiligt Sequenzmutationen, Kopienzahl, chromosomale Instabilität und Methylierung. PLoS ONE 7. e36530 (2012)
                                                                      • CAS
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                                                                      • Bier, D. G. et al. Gene-Expressionsprofile vorhersagen, das Überleben von Patienten mit Lungen-Adenokarzinom. Nature Med. 8. 816 &# X02013; 824 (2002)
                                                                        • Artikel
                                                                        • Hayes, D. N. et al. Genexpressionsprofile zeigt reproduzierbare menschlichen Lungenadenokarzinom-Subtypen in mehreren unabhängigen Patientenkollektiven. J. Clin. Oncol. 24. 5079 &# X02013; 5090 (2006)
                                                                          • CAS
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                                                                          • Artikel
                                                                          • Bhattacharjee, A. et al. Klassifizierung der menschlichen Lungenkarzinome durch mRNA expression profiling zeigt deutliche Adenokarzinom Subklassen. Proc. Natl Acad. Sci. USA 98. 13790 &# X02013; 13795 (2001)
                                                                            • CAS
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                                                                            • Artikel
                                                                            • Travis, W. D. et al. Internationale Vereinigung für das Studium von Lungenkrebs / American Thoracic Society / European Respiratory Society internationale und multidisziplinäre Klassifizierung von Lungenadenokarzinom. J. Thoracic Oncol. 6. 244 &# X02013; 285 (2011)
                                                                              • ISI
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                                                                              • Yatabe, Y. Mitsudomi, T. & Takahashi, T. TTF-1-Expression in Lungen-Adenokarzinome. Am. J. Surg. Pathol. 26 767 &# X02013; 773 (2002)
                                                                                • ISI
                                                                                • PubMed
                                                                                • Artikel
                                                                                • Shinjo, K. et al. Integrierte Analyse von genetischen und epigenetischen Veränderungen zeigt Methylator Phänotyp CpG-Insel, die mit deutlichen klinischen Zeichen von Lungenadenokarzinom. Karzinogenese 33. 1277 &# X02013; 1285 (2012)
                                                                                  • CAS
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                                                                                  • Mo, Q. et al. Muster Entdeckung und Krebs-Gen-Identifikation in integrierten Krebsgenomdaten. Proc. Natl Acad. Sci. USA 110. 4245 &# X02013; 4250 (2013)
                                                                                    • CAS
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                                                                                    • Lawrence, M. S. et al. Mutations Heterogenität in der Krebstherapie und die Suche nach neuen Krebs-assoziierte Gene. Nature 499. 214 &# X02013; 218 (2013)
                                                                                      • CAS
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                                                                                      Diese Studie wurde von NIH Zuschüsse unterstützt: U24 CA126561, U24 CA126551, U24 CA126554, U24 CA126543, U24 CA126546, U24 CA137153, U24 CA126563, U24 CA126544, U24 CA143845, U24 CA143858, U24 CA144025, U24 CA143882, U24 CA143866, U24 CA143867, U24 CA143848, U24 CA143840, U24 CA143835, U24 CA143799, U24 CA143883, U24 CA143843, U54 HG003067, U54 HG003079 und U54 HG003273. Wir danken K. Guebert und L. Gaffney für die Unterstützung und C. Gunter für die Überprüfung.

                                                                                      Informationen zum Autor

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